Может ли руководитель организации быть председателем аттестационной комиссии образовательной организации?

Да, может.

Действующим законодательством не установлено соответствующих запретов.

Руководитель может входить в состав аттестационной комиссии (в т. ч. быть ее председателем).

Однако учитывая тот факт, что при подготовке и проведении аттестации на соответствие занимаемой должности руководитель является представителем работодателя и выполняет иные функции, связанные с аттестацией (принимает распорядительные акты, знакомит работника с документами, вносит представление), то входить в состав аттестационной комиссии (в т. ч. являться ее председателем) ему нецелесообразно.

Данное мнение подтверждается в ответе на вопрос 7 Разъяснений по применению порядка аттестации педагогических работников.